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可引起胃肠道反应，白细胞减少，引起肝损害。每天静脉输入此药266mg/平方米，可发生中枢神经毒性作用，表现为肌痛及压痛、失眠、无力，严重的肌痛持续到疗程完了后7天。它对肾脏也有毒性作用，影响肾曲管功能而发生多尿、糖尿或暂时性血清中重碳酸盐或磷酸盐改变。有报告发生预料不到的酸碱平衡及电解质紊乱，甚至有死亡者。2017年10月27日，世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单初步整理参考，阿扎胞苷在2A类致癌物清单中。