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南宁市卫生局是市人民政府职能部门，主管全市医疗卫生工作。内设党政办公室、规划财务科、突发公共卫生事件应急办公室、疾病预防控制科、卫生法制与监督科、农村卫生管理科、妇幼保健与社区卫生科、医政科、市干部医疗保健办公室、人事科、纪检监察室、市爱国卫生运动委员会办公室等12个职能科室。局属事业单位17个，分别为南宁市1—9医院、红十字会医院、中医院、妇幼保健院、卫生监督所、疾病预防与控制中心、南宁中心血站、南宁卫生学校、江南片妇幼保健院等，代管的事业单位有南宁市医药学会办公室、南宁市卫生信息中心、南宁市卫生人才与技术服务中心等3个单位，在岗职工7千余人。